Un notable avance ha venido perfeccionando la edición, publicación y la interoperabilidad de las revistas SciELO. Se trata de la estructuración de los textos completos de acuerdo con el lenguaje XML, que se adoptará en la operación de todas las revistas SciELO a partir del año 2015. El Programa SciELO está promoviendo la introducción de esta mejora en la metodología y tecnología del tratamiento de textos desde 2012. Las revistas de ciencias de la salud comenzaron a adoptar la innovación a partir de 2014.

Los textos de los artículos generalmente siguen una determinada estructura, comenzando por el título, seguido por los autores y así sucesivamente. XML se usa para estructurar precisamente todos los elementos de los textos en los procesos de edición contemporánea de los artículos y otros tipos de documentos. Cada elemento está definido por una etiqueta (tag en inglés). Así, por ejemplo, el autor Albert Einstein podría ser identificado o etiquetado como:

<author><surname>Einstein</surname><name>Albert</name></author>

También es importante tener en cuenta que identificar con precisión los elementos bibliográficos es parte del procesamiento de los textos marcados para la verificación de su exactitud y consistencia. De modo que es posible verificar si todos los elementos bibliográficos que se espera están presentes y si obedecen a las reglas de formación. Por ejemplo, si hubiere una fecha de presentación que indicara "31 de abril de 2014" será posible detectar el error. Esta capacidad que adquiere el texto marcado se aplican a todos los elementos que fueron estructurados. Es decir, es posible comprobar la especificación y consistencia de las secciones, párrafos, tablas, figuras y especialmente las referencias bibliográficas de los documentos citados en el texto. Esta capacidad de tener su estructura y componentes identificados y procesados por los programas de computador es la principal característica que proviene del uso de la norma XML.

Con en XML se pueden definir diferentes estructuras de marcación de textos de artículos. Sin embargo, se recomienda seguir una estructura que sea un estándar internacional, que se conozca por los diferentes sistemas internacionales. SciELO podría haber definido una estructura propia de los artículos, pero en este caso, toda la interacción con los sistemas externos requerirían un tratamiento específico o conversiones a las normas internacionales. Por lo tanto, SciELO adoptó una norma internacional ya establecida que se llama Jornal Article Tag Suite (JATS) que puede ser traducida como Conjunto de Etiquetas de Artículos. JATS tiene su origen en la Journal Archiving and Interchange Tag Suite creada por la National Library of Medicine de los Estados Unidos, para marcar los textos de los artículos almacenados y publicados por PubMed Central (PMC). Las revisiones del con junto de etiquetas PMC dieron origen JATS en la forma de una norma delNational Information Standards Organization (NISO) de los Estados Unidos, identificada comoJATS: Journal Article Tag Suite, version 1.0 (ANSI/NISO Z39.96-2012). Otra modificación importante agregada por SciELO es la especificación detallada de las referencias bibliográficas necesarias para el montaje de la base de datos bibliométricos.

Este avance en la estructuración de los textos de los artículos SciELO es parte integral de la implantación de líneas prioritarias de acción de profesionalización e internacionalización de SciELO que se traducen en el desarrollo de la capacidad nacional de producir revistas de acuerdo con el estado del arte internacional. Para promover este avance, SciELO incentivó a empresas nacionales a desarrollar soluciones propias para el procesamiento del nuevo SciELO Publishing Schema así como la participación de empresas internacionales. SciELO también ofrece capacitación a los equipos de las revistas que opten por el procesamiento de sus textos.

Cambios importantes como éste siempre representan un desafío, particularmente para las revistas que son producidas en condiciones de limitados recursos financieros, de profesionalización y de capacidad de adopción de innovaciones. Se sumam a estas condiciones las dificultades que tienen algunos editores en percibir y evaluar los logros que tendrán con la adopción del XML. Para responder a estas situaciones el Programa SciELO ha venido promoviendo este cambio con bastante anticipación de modo que todas las revistas desarrollen las condiciones para incorporar este cambio en las formas de producción.