Manuel Ortega también se desempeñó como Subsecretario de Educación e Investigación Tecnológica de la Secretaría de Educación Pública (1982-1988); fue asesor del Director General de la Comisión Nacional de libros de texto gratuitos y formó parte activa del Consejo Universitario de la Universidad Tecnológica en Línea.

El investigador quien fue uno de los primeros académicos en integrarse al CINVESTAV también fue asesor de la Comisión de Ciencia y Tecnología de la Cámara de Diputados.

Químico Bacteriólogo Parasitólogo por la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas del Instituto Politécnico Nacional, y  doctorado en Bioquímica en el Instituto Tecnológico de Massachusetts, Ortega fue uno de los fundadores del Departamento de Bioquímica del CINVESTAV; el primer secretario Académico que tuvo este Centro y el tercer Director General de la Institución (1978-1982).

Durante su gestión se aprobó que Cinvestav tuviera una política de descentralización, por lo que se inició la creación de unidades fuera del entonces Distrito Federal (ahora Ciudad de México). Así se establece el CINVESTAV Unidad Mérida en 1980 y un año después la Unidad Irapuato.

Sin duda la descentralización fue una idea visionaria de Manuel Ortega, quien buscó ampliar la cobertura atendiendo necesidades regionales. Fue el caso del CINVESTAV Unidad Irapuato, que surgió a partir de la idea de desarrollar un grupo de investigación que trabajara sobre aspectos agroalimentarios con un enfoque vanguardista. Asimismo en los sesentas impulsó el estudio de disciplinas prácticamente inexistentes en México como lo era la genética microbiana y la biología celular.

Entre otras de sus contribuciones está la creación de la revista Avance y Perspectiva del CINVESTAV, fundada en octubre de 1980 a iniciativa de Ortega, entonces Director General de la institución, con el propósito de informar a la sociedad pero también para servir como un órgano de vinculación entre la comunidad académica.

De 1988 a 1990, a invitación del ex Presidente Carlos Salinas de Gortari, Manuel Ortega inició su gestión como Director General del CONACYT. Durante el tiempo que ostentó el cargo se dedicó a impulsar cuatro puntos que consideró relevantes para el desarrollo de la institución.

Fortaleció el área de becas y duplicó el monto que se otorgaba a dichos apoyos; aumentó el número y el importe de las becas Fullbright-García Robles para apoyar a los estudiantes mexicanos que se encontraban realizando algún estudio o especialidad en Estados Unidos.

Asimismo promovió la sistematización y digitalización de los procesos administrativos en CONACYT, ya que la mayoría de éstos aún se realizaban manualmente y ayudó al desarrollo de la ciencia y la tecnología por medio de la inversión de la iniciativa privada, motivando a los empresarios a construir sus propios laboratorios dentro de sus empresas.